La principal singularidad de la Iglesia de San Vicente de Arana es la estructura doble de su altar mayor que es un ejemplar original dispuesto en dos cuerpos con dos altares superpuestos del siglo XVI. Su cuerpo inferior va encajado en un pequeño recinto abovedado que se abre a ras del suelo y un arco rebajado en su acceso que se apoya en dos bellas pilastras con decoraciones animales y vegetales. Este frontis sirve de acceso al espacio que cobija el retablo bajo, este se preside por una talla de Cristo Crucificado y dos imágenes laterales del siglo XVII de los Santos Emeterio y Celedonio. A la izquierda de este recinto se alza un púlpito barroco de piedra. En el cuerpo superior descansa el retablo alto sobre un segundo piso de piedra con doble escalinata con balaustrada. Este retablo consta de dos cuerpos y ático con basamento del siglo XVI. Esta es una de las obras más interesantes del plateresco del País Vasco por su vitalidad y la expresión de los personajes.En el pedestal existen distintas figuras humanas y en el banco del primer cuerpo aparecen rostros de ángeles y cabezas realistas de hombres y mujeres con indumentaria de la época. En la calle izquierda va representada la Cena con los apóstoles dispuestos en círculo y en la derecha el juicio de Pilatos. En las entrecalles se encuentran las imágenes de San Juan, la Magdalena, San Andrés y una Santa con libro. El segundo cuerpo ostenta la hornacina principal con San Vicente Mártir y en las laterales relieves con la prisión del Santo y su martirio en una columna. El ático o remate consta de tres nichos con un calvario con San Juan a lado derecho de la Cruz sujetando a la Virgen caída. Al otro lado la Magdalena lleva un paño en la mano. El hueco de la izquierda tiene la escena del Abrazo ante la puerta dorada y el de la derecha las efigies de los santos Cosme y Damián.
