En los siglos XIV y XVI se añadieron dos capillas a la nave principal, la del Santo Cristo de las Tentaciones y la de la Visítación que es artísticamente la más interesante del conjunto y fundada por el matrimonio judeoconverso que se halla allí sepultado. Está resguardada por una exquisita reja de forja, por un retablo del siglo XVI del pintor Juan de Borgoña y dos sepulcros de ornamentación plateresca. En el interior se pueden admirar retablos, altares, sepulcros, pinturas, así como una amplia colección de imaginería religiosa. En la iglesia existe también sillería barroca, un órgano, la pila bautismal, el coro y las vidrieras .
Junto a la Plaza del Obispo López de Mendoza hay un arco plateresco del S.XVI, hecho por los mismos arquitectos de las capillas de la Visitación. En el extremo opuesto hay restos de otro. Hubo una serie de ellos, todos iguales, que sostenían un pórtico que cubría toda la parte baja y un banco corrido pegado al muro servía de descanso. Antiguamente era éste un lugar de concejos abiertos cuando no existía casa de concejos, y, más antiguamente, lugar de juicios.
En el interior destacan tres retablos:
Retablo Mayor: Sobre un gran sagrario destaca la imagen del diácono San Vicente, flanqueado por las figuras de San José y San Sebastián, patrono secundario de la ciudad. Los tres se hallan encuadrados en columnas corintias. La parte superior consta de un complicado entablamento y sobré él un pequeño cuerpo barroco con la figura de la Virgen. Permanece sin dorar.
Retablo de Nuestra Señora de la Soledad: La composición del retablo sigue esquemas muy semejantes al del altar mayor. Se talló en 1797 en madera de pino con orden corintio. En lo alto puede apreciarse el bajorrelieve de la Trinidad. Las pinturas del retablo fueron realizadas por el famoso Juan de Borgoña. El retablo consta de de banco, con el escudo del deán, dos cuerpos y tres calles, todos separados por balaustes y frisos. Dos grandes pilastras cajeadas, con rosáceas en su interior, flanquean el conjunto. El compartimento central representa la Visitación y los laterales a un donante asistido por San Andrés y una donante con San Francisco. La Anunciación ocupa la parte superior a cuyos lados están el Papa San Clemente y Santa Catalina.
Lo completa el Retablo del Cristo de las Tentaciones de carácter barroco.